《药仙》故事主要讲述了一个名不见经传的小药童不愿与无良药商同行，用自己的生命守护药材的故事。最终，这药吸收了药童的血液，获得了灵性。经过几代轮回，以钩藤（钩藤、曼芦、水苏、豆蔻）为首的四种药材，都化作了药灵。随着人类的出现，他们必须再次找到一个真正能驾驭药物，用血液滋养他们的人。只有拥有药体，才能真正成仙。一旦他们成仙，世上就没有这种药草了。云来镇的年轻药剂师林东升怀揣着拯救世界的梦想，竭尽全力寻找这四种已绝迹的药材，以治病救人。在寻找对方的过程中，曼洛等人终于发现，林东升这个用性命保全自己药的小子，想要报恩，却被一直仇视对方的刘虎勾引。林家世世代代，诬陷林东升蓄意投毒。官府与药陵谷的双重追求。为了保护林东升，曼洛毫不犹豫地与钩藤、葡萄球菌等决裂，在拯救百姓和自利之间，每个人都面临着一个重要的选择……