《小小克星！Refrain》幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。　　在那之后数年，理树作为LittleBusters的一员，喧闹地过着痛快的每一天。　　这样的功夫能够一直持续就好了。理树所憧憬的只有这样。　　某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍，　　理树则开始了寻找成员的任务。　　在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。　　和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。　　经历了许多快乐的事情，　　同时也在大家的帮助下处置了各自拥有的烦恼。　　最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的伙伴们之间的牵绊。　　——然而，这并不是结束。　　和来谷唯湖之间的故事。　　理树与铃的故事。　　以及，理树和铃终于知晓的。　　LittleBusters真正的物语，自此开始——。