《消失在远空中》位于北海道的马醉村，即将被改建为机场。少年楠木亮介（神木隆之介饰）的父亲雄一郎（三浦友和饰）控制机场的改建任务，亮介也伴随父亲从都市转学到了马醉村。亮介清秀的面容与质朴的乡村有些格格不入，不过却找来了女孩子们的喜欢，当然也引起男孩们的嫉妒。调皮的土田公道（笹野友间饰）为了心爱的女孩和亮介大打出手，不过两人倒因此成为好朋友。不久他们又结识了等待UFO的神秘少女柏手绯春（大后寿寿花饰）。这个夏天因此而变得多姿多彩。另一方面，机场营建计划受到当地村民的抵制，大人们争执不断，并逐渐波及到孩子们的世界中来……