《相棒剧场版3》在距离东京三百公里的凤凰岛，发生了一起人被马践踏致死的事件。谁知道菅下宇京（水谷丰志饰）的老搭档神户淳（和川光博）上门了。原来，这个私人岛屿是提供给一个有自卫队背景的民兵组织作为训练基地的，该组织似乎参与了生化武器的制造。神户受警察厅副厅长秋保海峰（石坂浩二饰）指派，以调查凶杀案为名，命令杉下和搭档海京（成宫弘树饰）前往凤凰岛，秘密调查生物和生物证据。化学武器。特务二人组在民兵组织首领真士治（伊原武史饰）的带领下被引导到事故现场，菅下意识到事故背后似乎有一些人为因素。当他和随后来的伊丹（川原和久饰）等人越来越接近真相时，幽灵般的权贵们突然下令自卫队对他们采取行动……