《笑傲昙天外传：宿命，双头风魔》明治期间，随着文雅开化及赶快西化，使得日本进入前所未有的变革期。无法接收这种变化的人、及对于新政府有所不满的人因此犯下罪过。而囚禁这些罪犯的地方，便是位于日本最大湖——琵琶湖湖心的巨树监狱！以作为摆渡人，代代供奉大蛇的阴天神社三伯仲为重心，....