《无限斯特拉托斯2：世界清洗篇》故事以只有女性才能使用的世界最强武器“InfiniteStratos(IS)”为中心。在一个女人比男人优越的世界里，主人公“折座和香”即使是个男孩，也可以操纵IS。为此，他被迫培养IS操纵。学生的学校“IS学园”自然是被女性包围着，女生们也对这个“世界上唯一会使用IS的男人”感兴趣，因此开始了很多有趣的校园生活。