《武林孤儿》故事发生在1990年代末中国内陆小城市的一所武术学校。在校长的高压管理下，出现了一个不合群的少年张翠山（侯云霄饰）。他对武术没有兴趣，但在学习文化知识方面表现出了很强的天赋。但因为他在武校，他那古怪的性格，让他的生活格外凄惨。他多次试图逃跑，但以失败告终。直到最后一天，一位年轻的文化教授（金景诚饰）的到来打破了武校的平衡。