《我的奇妙男友》在一个寂静的夜晚，荒郊野外，娱乐圈二线女星田净植（吴倩饰）驾驶的汽车和迎面而来的货车相撞。诡异的是，货车上搭载着一具棺材，净植的血流到棺材里，果然让躺在里面的人复活了！那个人名叫薛灵乔（金泰焕饰），是一个不会生病也不会受伤的“基因突变人”。他行走人世四百多年，一百年前遭人陷害放干了身体里的血，随后被关在棺材里。薛灵乔救助了昏迷的田净植，此后几经周折更住到了后者的家里。突如其来的男友让田净植不知所措，而围绕薛灵乔的阴谋和秘密也逐渐浮出水面……