《蔚蓝档案动画版》由数千所学校组成的巨大学园都市“基沃托斯”。在这里，手持枪的学生们的争吵成了日常的风景。其中，被沙子包围的“阿比多斯高中”面临着倒闭的危险。为了摆脱困境而奋斗的“对策委员会”的5名学生，遇见了被称为“老师”的“大人”，故事开始展开。学生与青春，学校与枪。他们所追求的未来是——