《十三号仓库第二季》Pete（EddieMcClintock）和Myka（JoanneKelly）本是财政部特勤处的特工，负责养护总统的安全。一次，他们挫败了一起针对总统的暗杀图谋，受到总统赞扬。但是过后不久，他们被一纸调令转移到南达科他州，前往丛山峻岭间神秘的「第十三号仓库」工作。他们的任务是探求、收集并存储散落在世界各地的超自然物体－－这些超自然物体带有不可思议的力量，并且起源是个谜。这些神秘物体已足够让Pete和Myka头疼了，可那并不是最伤害的－－显然还有其他势力也在探求这些物体。第一季结束时，一直秘密与第十三号仓库为敌并私自贩卖超自然物体的前任仓库特工MacPherson（RogerRees）被Pete、Myka和Artie擒获。然而当三人离开后不久，伪装成Claudia（AllisonScagliotti）的Leena释放了MacPherson。Leena成功掩护MacPherson逃脱，导致仓库进入全面封锁状态。Artie在最后关头明白了MacPherson的诡计，但为时已晚。Artie被MacPherson困在仓库的进出通道里，爆炸所产生的巨大火焰瞬间吞没了Artie……Pete和Myka反锁在仓库遏制室里，只能眼睁睁看着这一切发生。在第二季首集里，Pete和Myka在废墟里搜寻Artie的下落，而Frederick夫人因为一起事故严重受伤。MacPherson和Leena利用爆炸引开Pete和Myka的注意力，从仓库中偷走了一件重要物品（也可能是一个人）。在阻止MacPherson继续行恶的同时，Pete和Myka必须尽快找出谁才是仓库里的真正「内奸」。MacPherson从仓库里带走的东西显然是第二季最重要的剧情线索，后面很多情节都与之相关。除此之外，Frederick夫人在第二季中的作用明显大于第一季，她的神秘身份也会初现端倪。Artie和Claudia这对「活宝组合」无疑是本剧的一个重要看点。Artie当然死不了！这是任何人都知道的。至于那些希望Pete和Myka「擦出火花」来的观众，本季也不会悲观－－Pete和Myka的关系会不断发展，只是速度没有我们想的那么快。