《少女爱上姐姐2～二人的ELDER～》御門千早は容姿端麗・文武両道だが、外交官である父親の納得できない行動が原因で男性不信となり、それが通っている高校でも影響し、ついには人間不信になり登校拒否になっていた。それを見かねた母・妙子の強制により、妙子がかつて通っていた『聖應女学院』に『妃宮千早』として『女装』して転校する羽目となってしまう。学院では往日ナンパ男から助けてくれた少女・薫子と再会し、寮生存を始める。千早の美しい容姿と嫋やかな振る舞い、優秀な成績から程序に生徒達の注目を集めていく。