《使徒行者2》高级刑事情报督察卓凯（苗乔薇饰）现身泰国曼谷，在那里获得关键情报：九志强和泰国倪坤在贩毒。经过追查，发现纪云帮助黑食者倪坤杀死了倪坤，并与九志强进行了交易。卓凯和卧底被朴基得力的部下乐少峰（周白豪饰）发现后，为了寻找幸运团伙作案的证据，潜入小区，与他们对峙。逃出后，卓凯一行人正要离开泰国返回香港，却发生了一场大爆炸。除了卓凯，所有的卧底都被烈火掩埋。伤心欲绝的卓凯回港后面临停赛，变得绝望。与此同时，香港最大的社团长兴爆发了内战，长兴的新领袖魏德新（陈昊饰）用他刚劲十足的身手摧毁了包括谭欢喜（徐绍雄饰演）。但秦欢喜是长兴长期卧底。面对这种情况，他曾想过向汉德勒求助，回到警队。然而，他的妻子却突然在一场意外中死在了一群人的手中，让秦欢喜彻底堕入了冥界。