《史前巨鳄》一场神秘的死亡引起了古生物学家凯利（布里奇特方达BridgetFonda饰）的注意。为了了解事件的真相，凯利千里迢迢来到了事发地——一座古老的湖泊。这件事让凯利更加相信平静的湖面下隐藏着可怕的东西。凯利的猜想在镇上引起了轰动。峰顶发生的游客被不明物体拖入湖中的悲剧，让所有人都意识到事情的严重性。凯利、行政官杰克（比尔·普尔曼BillPullman饰）、警长汉克（布伦丹·格里森BrendanGleeson饰）等人围绕古湖展开调查。令人震惊的是，在湖底，他们发现了一条凶猛异常、体型异常巨大的史前鳄鱼。