《石纪元第三季》数千年过去了，所有的人类都被一种神秘的现象瞬间石化了——拥有超人思维的自然科学男孩Senku苏醒了。在文明已被毁灭的石头世界中，赤库集结新伙伴的力量共同建立，最终目标是用科学的力量恢复整个世界。然而，灵长类最强的高中生诗诗王思却每一步都步履蹒跚。该部门以净化人类为目的，试图通过行使庞大的权力来阻止科学的进步。经过科学与武力的激战，仙库等科学王国获胜，两国终于和解。在伙伴们的阴谋下，处于冷眠状态的斯，瞄准了光之石化之源，地球的背面，新世界，为的是让全人类复活！闯出世界，解开石化之谜！石界的大航海期终于开启——？