《神秘悬河》三个孩子吉米·马库（肖恩·潘饰）、戴夫·博伊尔（蒂姆·罗宾斯饰）和肖恩·德维（凯文·培根饰）是形影不离的朋友，他们都住在波士顿的一个贫困社区，一起玩游戏、一起战斗、一起成长。这段美好的童年友情是如此的单纯而牢固，似乎他们注定是一辈子的好朋友，直到有一天他们中的一个人偏离了另一个轨道。他们的生活永远改变了——在10岁时，戴夫在玩耍时被绑架并遭受性虐待。获救后，戴夫似乎变了一个人。有了隔阂，三个好朋友的友谊渐渐疏远破碎，天地变了，他们终于失去了联系。二十五年后，三个儿时的朋友因另一起悲剧事件重新联系起来。当吉米19岁的女儿凯蒂被残忍杀害时，负责此案的警官正是肖恩和他的搭档惠特尼（劳伦斯·菲什伯恩饰），他们面对的是看似毫无头绪的吉米，失去了心爱的女儿，心急如焚为了复仇，不得不面对拼命复仇的吉米，但最让肖恩无法预料的是，案件中透露的线索将凶手的嫌疑人指向了戴夫！小时候被绑架造成的心理阴影一直挥之不去，导致戴夫在婚姻和事业上的失败。没有人知道，在他温和平和的外表下，隐藏着一种阴暗的性格和内敛……3这些青梅竹马，现在一个是凶杀案的最大嫌疑人，一个是负责此案的警探，而另一个是一心为女儿报仇的父亲，他们三个人成了一个紧张的三角关系，每个人都面临着矛盾和斗争，每个人都被迫面对内心真实的自己，每个人都必须回头看自己不为人知的过去，是美好的还是痛苦的。