《神秘代码》1959年，美国马萨诸塞州列克星敦的威廉道斯小学，学校即将迎来开学日。小女孩露辛达·安伯利（LaraRobinson饰）提出的想法被校长采纳。开学日，学生们会画出自己对未来的憧憬，将它们放入金属时间胶囊中埋入地下，准备50年后重新开放。放学后，行为古怪的露​​辛达用鲜血在墙上写下了奇怪的笔墨并警告了老师。2009年，威廉道斯小学再次庆祝开学日，50岁的时间胶囊再次被埋在地下。小男孩凯勒（钱德勒坎特伯雷）收到了露辛达的来信。上面没有图片，整页都是不规则的数字。凯勒的父亲约翰（尼古拉斯·凯奇NicolasCage饰）晚上研究了这些数字，发现这是一组预测代码。文章中的数字清楚地记录了过去50年来世界上发生的各种灾难。此外，这组数字还包括接下来将要发生的重大灾难……