《圣斗士星矢：》与冥王的激战终于结束，世界重新恢复了光彩。但对于圣斗士来说，伤亡却是那么惨重。黄金圣斗士战死。圣哉虽然在最后一战中逃了出来，但他失去了所有的知觉，就像一个没用的人。然而，这种来之不易的和平并没有持续多久。在经历了传奇之乱、海神、冥王等危机之后，另一只邪恶之手也伸向了人间。这是太阳神阿波罗，女神雅典娜的哥哥。这一次，他率领神斗士前来，企图消灭人类。对于雅典娜和她的圣徒来说，这是一场前所未有的危机……