《神都危机》故事发生在万岁通天二年（公元697年）三月，契丹即将与伏龙国（即拜占庭帝国）的炼丹师达成协议，购买战略装备。武则天暗中命领头侍卫裴胜彦处理此事。裴胜彦查出契丹使者与炼金术士卡图斯交易的地点，便出手攻击，却被神秘女子小红带头。裴胜彦正要捉住萧鸿福，萧鸿福却拿着一件神秘的兵器，展翅飞翔，消失在了天空之中。三天后，朝廷发布了灾情报告：平州三县爆发大规模瘟疫，大量人员死亡。大臣和清远学者与武则天讨论此事……