《省港旗兵2：兵分两路》为打击日益严重的犯罪活动，大陆警方应港府要求，派出向东（徐锦江饰）、京生（林国斌饰）、郭学军等人，以偷渡者身份逮捕港岛。在港期间，香港警务处程思为直接带头人，当地侦探（万子良饰）协助办案。他们与内地的犯罪集团混为一谈，惩治了坏孩子小星，杀死了蒋家四兄弟。但他们的风格并不为程思所欣赏。另一方面，蒋家兄弟的死，也引发了帮派的报复和愤怒，给他们带来了极大的杀戮。应景生的战友阿虎的邀请，三人假装与抢劫银行团伙有牵连，秘密与警方联手，打算歼灭抢劫团伙。但在行动的前一天晚上，突然发生了变化……