《日本少林》一百多年前，中国少林武学家武天行，在日本扩广少林武学，却惹起日本四大御前侍卫家族的挑战，武天行连败三家，最后与千叶家门主千叶奔雷一场惊天动地的大战后，千叶奔雷战败，但心有不甘，希望再与武一战，武天行敬重他是真正的武者，答应雷，就算自己死了，他的子孙亦会接收挑战。一百年后，千叶家的子孙千叶归一四处寻找武家子孙的下落，不断挑战少林派武馆，而归一一直只知练武报仇，连维生之道亦不懂，弄至要行乞度日。而武家传人武道一，在一渔村与自幼相识的子慧在同一豆腐店工作，道一则在店的天井内开设武馆，怅然多年来，只有一人拜师学艺。道一父亲临死前告戒不不妨动武，更把一佛珠交给一，要他出手时三思。