《燃烧的港湾》抗战后期，日寇败局已定，他们决定在香港修建潜艇基地做最后的制止。入伍前学建筑工程的少佐左滕（赵文瑄饰）负责基地的技术工作，黑寿（王国京饰）大尉担任基地的安全警卫。中立国货轮“玛丽大婶”号被日军强行征用，船上的水手被押往基地做劳工，其中有水手何伟力（夏军饰）及妻子郑玲（蒋竹菁饰）以及女友徐美丽（温碧霞饰）。在日军的武装监视下，劳工们天天都超负荷地干活，累病的工人被秘密烧死，目击这一惨状的何伟力最终被吓疯，企图逃跑的水手关雄（王亚楠饰）被黑寿用汽艇螺旋浆活活搅死。船长洪达（何麟饰）策划逃亡，他的计划得到外籍工程师梅森（约翰·斯拉德饰）的领会和支持。此时，竣工迫近，日军司令部命黑寿将全部劳工杀死......