《亲爱的医生》地处偏僻的神和田村，是一部分口严重流失、老龄化水平极高的村落。医生伊野治（笑福亭鹤瓶饰）的到来为老人们解决了治病无门的烦恼，他和颜悦色，医术高明，被当地人奉为神明，备受尊敬。从东京来此实习的年轻医师相马启介（瑛太饰）起初也不领会伊野甘于寂寞的做法，但随着出诊次数的增加，他和当地人建立了质朴的友情，也对伊野医生有了更多地领会。　　然而就在两个月后的某个夜晚，伊野医生神秘失踪，村民们慌乱不安，十分担忧他的安慰。而负责此案的警官（松重丰饰）却似乎另有想法，经过一系列的调查，关于伊野治的身份和秘密渐渐浮出水面……