《亲爱的医生》地处偏僻的神和田村,是一部分口严重流失、老龄化水平极高的村落。医生伊野治(笑福亭鹤瓶饰)的到来为老人们解决了治病无门的烦恼,他和颜悦色,医术高明,被当地人奉为神明,备受尊敬。从东京来此实习的年轻医师相马启介(瑛太饰)起初也不领会伊野甘于寂寞的做法,但随着出诊次数的增加,他和当地人建立了质朴的友情,也对伊野医生有了更多地领会。 然而就在两个月后的某个夜晚,伊野医生神秘失踪,村民们慌乱不安,十分担忧他的安慰。而负责此案的警官(松重丰饰)却似乎另有想法,经过一系列的调查,关于伊野治的身份和秘密渐渐浮出水面……