《潜艇总动员2》阿里和贝贝都是优秀的科研潜艇。他们是一对特别的好伙伴。在《潜艇总动员》中，他们共同完成了许多训练和任务。这一次，两个小家伙又将面临什么？什么样的神秘而有趣的挑战？著名海洋研究员、水下考古学家苏红博士拥有四件仿加勒比海盗藏在深海中的古代勋章。四枚奖牌分别代表智慧、勇气、友谊和正义。这一天，苏红博士召集了阿里和贝贝，并解释说，如果他们能够完成一项任务，他们就会获得一枚勋章。如果能集齐四枚奖牌，小家伙们就会被邀请到泉州参加海洋馆的开馆仪式。仪式，并会得到医生的神秘奖励，让小潜艇跃跃欲试！阿里和贝贝，连同海上摩托蛙、宠物猴淘淘、海上独脚刨船石等小伙伴，不畏艰险团结合作，顺利完成了在地中海寻找埃及之冠的任务海和北冰洋步伐的残骸。，在阿拉伯海古城寻找石板和调整沉船文物保护的任务，先后获得博士四枚奖章，返回泉州。经过一番惊心动魄的搜索……