《潜入侦探蜥蜴》在当今日益多样化的犯罪现场，这与不断下降的逮捕率形成了鲜明的对比。为此，大都会警察局正试图引入文职调查人员，以进行原则上已被阻止的渗透调查。初代搜查班的刑部织部彻（松田翔太饰）拥有像照相机一样的超强回望能力和自由变换声音的能力。织部因两年前的事件辞职后，受雇于柳田监督（伊藤四郎饰）开设的侦探社。办公室经常受警视厅刑警部长森岸岸（远藤宪一饰）委托进行调查，而以自身能力出众而被称为织部的织部成为了办公室内最得力的士兵，甚至是森岸岸.有一天，莽撞率直的望月香织（连佛美沙子饰）成为了蜥蜴的助手。两位性格截然相反的侦探搭档，一次次潜入调查对象，揭开各种事件背后的真相……