《名侦探柯南·黑铁的鱼影》故事发生在东京八丈岛海岸，连接世界各地警方监控的高科技设施太平洋浮标即将启用。来自世界各地的工程师聚集在这里，以便与欧洲刑警组织的管辖范围建立联系。基于面部识别的全新黑科技也正在测试中。与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸。途中，柯南接到冲谷昴（赤井秀一饰）的电话，得知欧洲刑警组织成员在德国遭到强奸。酒精会杀人。柯南潜入太平洋浮标调查真相。正当工程师们为系统启动做准备时，突然发生了一起案件！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中含有核心技术的U盘也落入黑暗组织手中！这时，水下传来了不明潜艇靠近的声音，令人毛骨悚然，而一个神秘的黑色身影也在悄然靠近灰原爱。