《名侦探柯南：纯黑的恶梦国语》漆黑的夜里，一名间谍悄悄潜入日本警察局，窃取了记录各国间谍机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警察和联邦调查局特工赤井秀一（池田秀一配音）立即追捕间谍。最后，逃犯的车从悬崖上掉了下来。次日，柯南（高山南配音）和小伙伴们来到东都水族馆观光，发现了一名受伤的美女（天海雨希配音）。该女子处于失忆状态，手机已损坏无法使用。柯南等人答应帮她恢复记忆。说话间，躲在暗处的黑衣组织成员贝尔莫德（小山桃美配音）冷冷地看着这一切。在相处的过程中，女人的特殊本领和古怪的言行让灰原爱（林原惠美配音）怀疑她的真实身份。刚才平静的水族馆，沉浸在幸福之中的人们，基本会认为随着神秘女子技能的恢复，自己很快就会被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……