《魔法使黎明期》五百年的教会与魔女的对抗，以及几年前建立的宁静。然而，在这种阴影下，世界各地仍然存在着矛盾的残余。赛比鲁，一名被维尼亚斯王国魔法学校淘汰的学生，在上学前就失去了记忆。就这样，在阿尔巴斯校长的吩咐下，他离开了王国，踏入了反女巫势力强大的大陆南部，进行了一次特殊的实习。与他同行的是黎明魔女洛克里斯塔斯和天才少女霍尔特，他们正在寻找魔法开始的禁书零之书，还有蜥蜴兽化人工藤。他们都是性格凶猛的人。