《某科学的超电磁炮第三季》总人口230万，位于东京西部的大城市。在这个80%左右的人口是学生、因此被称为“学城”的城市里，正在发展超能力，扭曲世界规律的超常现象的力量。接受特殊课程课程并获得能力的学生通过定期的“身体检查系统扫描”从“无能力0级”到“超能力5级”的6个阶段进行评估。站在巅峰，被誉为最强者，一共有7个“超级大国”。御坂美琴就是其中之一。自由操纵电力的“Electromaster”的最高等级能力，也被称为“超电磁炮轨道炮”，是一名14岁的女中学生，就读于贵族女子学校常盘台高中。