《某科学的超电磁炮S》面积占东京都西部13、人口超过230万、八成以上由学生组成的学园都市,尖端科技发展迅速,超能力开发已经深刻到城市的各个角落。超能力水平高达Level5的御坂美琴(佐藤利奈配音)如往常一样和初春饰利(丰崎爱生配音)、白井黑子(新井里美配音)等好友过着平凡的日子,间或热血爆发挫败各种扰乱城市的阴谋。某天,在观察一起现今卡事件时她邂逅了长点上机学园的布束砥信(叶山郁美配音),进而得悉用美琴的DNA大批量复制超能力者的“量产型能力者计划”。不宁靖的气氛在都市角落肆意蔓延……本片为镰池和马(原作)、冬川基(作画)的原作的外传漫画第二季TV动画。