《魔卡少女樱透明牌篇》故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学结业后升上初中的故事在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消逝了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了，小樱从这个梦醒来打开封印之书创造库洛牌都变成透明的了。在与知世、小狼和艾力欧的计划下，小樱从新踏上了收集透明牌的故事。