《龙门飞甲》明朝成化年间，朝纲腐败，奸邪当道。西厂东厂为宦官把持，混淆黑白，陷害忠良，朝野表里噤若寒蝉。时有赵怀安（李连杰饰）等流亡剑客挺身而出，接连铲除东厂数名奸佞，致令阉贼胆战心惊。适值此时，风头正劲的西厂督主雨化田（陈坤饰）露面干预。另一方面，宫女素慧容（范晓萱饰）怀有身孕，绝命奔逃。被雨化田的爪牙追捕途中幸得神秘侠客凌雁秋（周迅饰）相救。二人一路辗转逃往关外，来到曾经引起过腥风血雨的龙门客栈落脚。龙门客栈一如往昔，为凶险异常之所在。雨化田手下追赶至此，与先前而至的鞑靼商队剑拔弩张，关键时刻更有与雨化田长相极端相似的卜仓舟（陈坤饰）与女侠客顾少棠（李宇春饰）投宿客栈。不久，赵怀安一众也悄悄潜至龙门。各方势力云集于此，新的正邪之战即将展开，更有天大的秘密即将揭开……