《李卫当官3》无家可归的赵三发和调查中受伤的专家李传伟因长相相似，不小心互换了身份。李传卫趁机打入反清组织，被委以重任，陈馨儿（赵丽颖饰）和赵三发却入宫，成为乾隆皇帝登基前后的贴身侍卫。没有一丝武功的赵三发，游走于乾隆、嘉庆、和珅之间。虽然手段不同，场合不同，身份不同，但明明暗中联手。危急关头，他们帮助嘉庆帝除掉和珅，共同挫败了明教的造反阴谋。同时，他们也找回了久违的兄弟情，找到了自己的爱情。随着朝野斗争的逐渐明朗，随着李传伟记忆的逐渐恢复，随着赵三发的烦恼越来越深，两人不经意间靠得更近了。同时，他们也渐渐感受到了彼此的存在。就在嘉庆帝要嘉奖有功之臣的时候，他们离开了朝堂，一起去寻找亲生父母的陵墓。