《灵异侦探社》神秘工厂深夜突发离奇案件，别名员工离奇惨死，人人都传是不知名异兽所为，一时间案件变得神乎其神。国际知名灵异侦探社接到被害人家属的委托，介入此案调查，却被一系列假线索误导，将凶手锁定在厂长身上，然而厂长在不恰当的机会自杀，使得案情更加扑朔迷离。厂长死后，其女儿光子将侦探社社长何生告上法庭，导致侦探社陷入信誉危机。 预感到此事的复杂程度后，何生派出保镖风泽和电脑高手小弥调查涉事工厂，发现厂长死于暗害，并将调查对象锁定在了工厂的技术参谋长谷川身上。调查证明长谷川的真实身份是日本的通缉犯，并且与流浪汉失踪案有关。与此同时，光子放下了对何生的偏见，与他一同调查案件。 何生等人深入敌穴，发现工厂的真实面貌是一个大型生物实验室，并且和一个国际组织有牵连，异兽杀人的谜底呼之欲出。但是长谷川在关键时刻叛变，指出幕后主使另有其人。长谷川为何受人指使，毕竟谁才是唯恐天下不乱的“神秘人”？