《凉宫春日的消失》距圣诞节仅有8天时间，SOS团在凉宫春日的号召下，不出意料地策划了一场圣诞狂欢派对。但就在12月18日这天早晨，阿虚却创造周围的世界有了些许变化。1年9班消失不见，朝比奈学姐视其形同路人，甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面，而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时，只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希，一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害臊的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中，阿虚确定出这个世界似乎被某人重组了一番。此时的阿虚，握有连接两个绝然不同世界的钥匙，他面临提防大的选择……