《蜡笔小新:风起云涌！我的宇宙公主》因为一块布丁，野原信之介（矢岛晶子配音）和妹妹向日葵（こおろぎさとみ配音）吵了起来。身为哥哥的他自然而然地被父亲弘（藤原启二配音）和母亲水（NAらはしみき）配音。小新生气了，威胁道：“不要当哥哥！不要当姐姐！”就在这时，出现了两个一胖一瘦绿衣男子，声称要收养小葵，开始新的生活，成为葵花公主。眼花缭乱后，签署协议的野原一家被吸入飞碟，踏上了变幻莫测的太空之旅。据葵星之王所说，这个星球和地球目前正面临着前所未有的危机。一旦两者之间的平衡被打破，两颗行星都将迎来毁灭的厄运。向日葵是提防危机的关键……