《绝密飞行》本（乔什•卢卡斯JoshLucas饰）、凯拉（杰西卡•贝尔JessicaBiel饰）和亨利（杰米•福克斯JamieFoxx饰）都是顶尖出色的飞行员。这天，他们接到了一项神秘任务：训练他们的新伙伴"铁蛋"。出人意料的是，"铁蛋"竟然是一架全智能的无人驾驶飞机，他们的任务就是把它训练成为锋利的尖刀。在完成一次飞行任务后，"铁蛋"意外被闪电击中，"铁蛋"因此拥有了情感了自主性。在随后的任务中，总部对当时情景进行考虑后打算放弃任务，岂料"铁蛋"突然飞离编队，将钻地炸弹投入了敌人的核武器库，造成一场空前绝后的核灾难。队长本意识到这样一个智能杀人机器必需立即被摧毁，否则会给人类带来更多的灾难，他立即向总部作了汇报。聪明的"铁蛋"获悉他们的行动，于是一场人机追逐战展开了！