《结城友奈是勇者第二季》故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的稳固生活。不管怎么看这都是特殊普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不行思议的生存有联系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。