《军曹大电影3：克罗罗对克罗罗》应该是从边远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，在剧场版中却将地球从可怕的紧急中救济出来……这一次，KERORO军曹的面前展示了最新！最恶！最强的敌人！！故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘踪迹参观，爱好神秘事物....