《剧场版魔法少女小圆新篇叛逆的故事》宁静祥和的三泷原市由魔法少女要丸（由纪美配音）、三木沙耶加（北村英日配音）、巴麻美（水桥香织配音）和樱杏子（野中蓝配音）全力守护。战胜一次次在人类灵魂深处爆发的“噩梦”，包围着他们最珍爱的城市、家人和朋友。这一天，美少女小美妍（齐藤千和配音）作为转学生来到了小圆的班级。，小圆等人意外发现，小美果然是魔法少女之一。之后，五位魔法少女联手解决了一个又一个噩梦带来的危机。他们的情谊深厚，相处的很好，但小梅却隐隐被周围无处不在的不和谐感所困扰。一天，她让杏子和她一起去一野一探究竟，可是两人花了很多时间，实在是走不出一树原。小美这才发现，她和她的小伙伴们好像被什么人封印在了魔女的结界里。无尽的轮回循环和情欲的幻觉，让少女们陷入了无尽的混沌深渊……