《剧场版魔法少女小圆》安静祥和的见泷原市完全由魔法少女小圆（由纪青配音）、三木沙耶加（北村绘梨里配音）、场麻美（水桥香织）和樱杏子（野中青配音）守护着。一次又一次，他们战胜了人类灵魂深处的“噩梦”，包围了自己最珍视的城市、家人和伙伴。那天，美少女小美颜（斋藤千和配音）以转学生的身份来到了小圆的班级。小圆等人意外地发现小美也是魔法少女的一员。之后，五位魔法少女齐心协力化解了一场又一场噩梦带来的危机。她们交情深厚，相处得很好，但小梅却隐隐担心身边无处不在的违和感。某天，她央求杏子和她一起去风木野一探究竟，但两人费了九牛二虎之力，却始终无法走出见泷原。小美终于发现，自己和小伙伴们好像被人封印在了女巫的结界里。无尽的轮回与情色所孕育的幻境，让少女们陷入无尽的混沌深渊……