《黑之契约者2：流星的双子》十年前，东京出现了一个不能解释的范围。从那片范围走出的人获得了一种特殊的超能力——可以随意篡夺他们的性命。却如恶魔般从此失去了梦与心。那片神秘的区域被叫做地狱门，而那些因此获取超能力的人被叫做契约者。美国的CIA，英国的MI6，日本的警视厅统统对神秘的地狱门进行了观察研究，甚至那个庞大的神秘构造潘多拉也开展行动，计划消灭契约者们。知道真相的契约者们则团结在所有进行对抗。而另一方面，有着之名的黑（木内秀信配音）接收命令执行着构造的任务，同时也一直在寻找5年前失踪的妹妹。在执行任务的过程中黑偶遇之前的恋人琥珀（川上伦子配音），发现眼前此人似乎隐藏着一些不为人知的秘密。　　究竟黑会不会知道琥珀真正的身份？他和妹妹是否能重逢？而人类和契约者的情况会如何发展？