《灰色的果实》故事发生在一所名叫美滨学园的私立寄宿学校。高耸的城墙和严密的制度，让这所只有五名学生的学校成为了与世隔绝的桃花源。有一天，一个叫风峰的少年（樱井隆弘配音）看到了雄二转移到了这里，打破了长久以来维持这个地方的平衡。同时，裕基也是学校里唯一的男生。冷漠的女儿咲希由美子（田中凉子配音），漫不经心的周方天音（田口博子配音），傲慢毒舌的金发双胞胎松岛松岛（水桥香织配音），显得天真无邪。其实，神秘莫测的马赛（米南志辉配音），温柔又略带自然气息的小峰由纪（清水爱配音），被这些性格各异的少女包围，雨季会遇到什么？校园生活呢？