《灰色：幻影扳机》由“国度组织CIRS”新设的特殊技能训练校“美滨学园”……因百般原因失去归所的少女们被交付的是，枪与实弹。使用手枪的玲奈、擅长狙击的桐花、炸弹与信息处理的克莉丝、负责谍报活动的忍者邑沙季。她们每天都以SORD成员的身份，处理警察及自卫队无法解决的事件，不断举行着危险的活动。K县U港——。准备入国的重要人士突然消失了。SORD成员开始调查失踪事件，但每当即将捕捉消失的“行李”时，就会在还差一点的时候被其逃脱。与姊妹校“京船樱丘”的SORD成员双子姐妹并肩作战，以及争执。以及——在夜晚的城镇中疾奔的神秘女骑手“SoulSpeed”·真纪的传闻——。追踪最终转变成壮烈的死战，将身心一并撕裂。……但这同时还是，通往玲奈她们相遇之前的过去的旅程。