《红胡子1965》刚从医学院毕业的穗本（笠山佑三饰），在父亲的介绍下，来到偏远农村的小石川诊所实习。他的老师是一位名叫红胡子的古怪医生（三船敏郎饰）。起初，向往长崎的宝本讨厌这个贫民窟，把怒火生在红胡子身上，觉得自己被骗了，没用。红胡子是这里著名的杏林大师。他没有对保本提出任何要求，而是默默地行医。他不惧怕强者，也没有要求赔偿。他治愈了无数病人，包括因虐待而精神错乱的年轻女子（香川杏子香川），因酗酒而身体麻木的酒鬼，被拐卖到妓院后患性病的年轻妓女等等。.在协助红胡子治病救人的过程中，宝本逐渐发现医德的重要性，并修正了自己的人生态度……