《黑猫警长之翡翠之星》在一个雷电交加的日子里，被囚禁的独耳成功越狱，这引起了黑猫警长的注意。次日一早，仰慕黑猫警长的小猪三度被搭档大庄拉走，潜入了即将到来的翡翠星博物馆。博物馆的前身是一艘宇宙飞船，是洋山博士在六十年前亲自研制的。正当他们玩得开心的时候，两个小家伙忽然看到了一个鬼鬼祟祟的耳朵和一个魁梧凶恶的男人。这家伙自称被杨山博士出卖了。得知阳山大夫已过世，他的怒火无处发泄。一只狡猾的耳朵催促着对方将复仇转移到城里的人身上，并在后天博物馆开馆时把所有市民都绑架了。三杜趁着混乱，将一只耳朵手中的能量块接了过来，黑猫警长即将面临前所未有的挑战……