《黑客帝国2：重装上阵》在最后一集的最后，尼奥（基努·里维斯饰）终于意识到了自己的能力和使命。被枪杀后复活，成为了无所不能的“救世主”。他与女友崔妮蒂（凯莉·安·莫斯饰）、墨菲斯上尉（劳伦斯·菲什伯恩饰）重回人类基地锡安，受到民众的热烈欢迎。这时，“矩阵”决定先发制人，派出25000只电子乌贼攻击锡安基地；Morpheus、Neo和Trinity再次进入“矩阵”探索“钥匙制造者”，准备从内部破坏；而本应被尼奥淘汰的特工史密斯似乎有问题，摆脱了“母亲”的控制，拥有了可怕的复制能力，阻碍了尼奥和他们的行动。