《黑衣人3》月球最高监狱，穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯（杰梅奈·克莱门特JemaineClement饰）越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，最终被年青的K（乔什·布洛林JoshBrolin饰）砍掉一只手臂，送入监狱。此次他逃脱的手段，就是穿越时空杀死K。与此同时，J（威尔·史密斯WillSmith饰）和K（汤米·李·琼斯TommyLeeJones饰）一如既往处置各种外星人引起的混乱，因对鲍里斯的案件三缄其口，两个好搭档心生隔膜。崭新的一天，J发现K消逝不见，周围更几乎没人领会K这个人。此时的K已在40年前被鲍里斯杀死，他所建立的A网也不复存在。在这急迫功夫，伯格罗多星人大举入侵地球。为了保护家园，J必须穿越时空再次改变历史……