《黑衣人3》月球最高监狱,穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯(杰梅奈·克莱门特JemaineClement饰)越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行,最终被年青的K(乔什·布洛林JoshBrolin饰)砍掉一只手臂,送入监狱。此次他逃脱的手段,就是穿越时空杀死K。与此同时,J(威尔·史密斯WillSmith饰)和K(汤米·李·琼斯TommyLeeJones饰)一如既往处置各种外星人引起的混乱,因对鲍里斯的案件三缄其口,两个好搭档心生隔膜。崭新的一天,J发现K消逝不见,周围更几乎没人领会K这个人。此时的K已在40年前被鲍里斯杀死,他所建立的A网也不复存在。在这急迫功夫,伯格罗多星人大举入侵地球。为了保护家园,J必须穿越时空再次改变历史……