《黑司祭们》讲述了两名天主教司祭被卷入事件中以及由此展开的一系列故事。金司祭（金允石饰）因总是擅自行动而被教会其他司祭所排挤，更为了拯救因一宗神奇交通事故而陷入危机的少女英申（朴洙垣饰），在所有人的反对和怀疑中，做出了危险的选择，径自计划着所有的行动。神学院学生出身的崔副祭（姜栋元饰），虽然曾是作弊又喝酒的不良学生，但具备了可以帮助金司祭的所有条件，于是他也加入到金司祭的计划中，帮助他一起拯救少女。他并不相信金司祭所作的一切，在帮助他的同时也担负起监视他的任务，与金司祭一起进行危险的典礼，却被卷入了意料之外的神秘事件。
