《海帆第二季》讲述了一群获得北极星奖学金的学生和北极星号船员原本被安排乘坐北极星号船横渡大西洋两个月的学习时间的故事。然而，位于瑞士日内瓦的欧洲原子能研究中心的粒子加速器在进行秘密实验时发生了意外，几乎所有的土地都消失了，这艘船上的人成为了世界上唯一的幸存者。从此，他们踏上了寻找仅存的土地，重建家园的漫漫征途……可是，他们能否顺利找到土地，重建家园呢？这艘船上的男男女女又会发生怎样的故事呢？