《海底大冒险2》邪恶的鲨鱼特洛伊回来了！这一次他扬言要趁涨潮席卷整个礁石！曾经以一己之力打败大鲨鱼的小鱼小皮，这次将再次肩负起拯救大家的使命。但问题是，这一次特洛伊不再孤单，身边多了几个同伙，自己也变得更强了。于是在老龟的建议下，小派决定在自己身边培养几个愿意跟随他的心腹，成为能像自己一样使用海洋之力的战士。然而，仓促的强化训练并没有达到预期的效果，反而让大家感到疲倦和无力。特洛伊看到了这个机会，强迫他在路上抓到的一条小鲨鱼罗尼伪装自己去疏远小馅饼和珊瑚礁的居民，然后让他活下去。为了生存，罗尼不得不在没有良心的情况下走向毁灭。在老乌龟的劝告下，小派明白，没有什么是靠自己的力量解决不了的，集体努力才是解决问题的最好办法！整理思绪后，派回到了珊瑚礁，此时罗尼的间谍身份暴露无遗，更糟糕的是派的女朋友被特洛伊抓走了！一方面，他要前去救女友，另一方面，还要在涨潮的时候抵御鲨鱼的入侵。Pi根据他们的长处给他们分配工作。最终，在大家的努力下，他们不仅赶走了凶猛的鲨鱼，还救出了派的女朋友，珊瑚礁又恢复了往日的平静和欢乐。